عام 2011 ترشح أوستن لمنصب نائب رئيس أركان الجيش الأمريكي، ليتولى المنصب في يناير عام 2012، وكان له إسهامات عدة لصالح الجنود.
عام 2012 أعلنت البنتاغون ترشيح أوستن لقيادة القيادة المركزية الأمريكية، ليصبح قائدها في مارس عام 2013.
زار لويد أوستن مصر أثناء قيادة القيادة المركزية الأمريكية في الشرق الأوسط عدة مرات، حيث التقى الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي، وقادة القوات المسلحة المصرية.