ولكن هناك مشكلة محتملة: يمكن للخلايا المناعية الموجودة في أنسجة المتبرع أن تهاجم أحيانًا أنسجة المتلقي، لأن الخلايا تعتبرها غريبة.
يؤثر الشكل قصير المدى من هذه الحالة، والذي يسمى مرض الكسب غير المشروع مقابل المضيف "جي في إتش دي"، على نحو 40% من مرضى زرع نخاع العظم، في حين تقدر دراسات مختلفة أن ما بين 6% و80% يصابون بشكل مزمن من مرض الطعم ضد المضيف.
هناك طرق لتقليل خطر إصابة المريض بهذا التفاعل، على سبيل المثال، من خلال وصف الأدوية المثبطة للمناعة، لكن هذا يقلل من قدرته على محاربة مسببات الأمراض. هناك أيضًا علاجات تستهدف نوعًا من الخلايا المناعية تسمى "الخلايا التائية" الموجودة في
الأنسجة المانحة. على الرغم من أن هذه العلاجات يمكن أن تكون فعالة، إلا أنها قد تأتي مع زيادة خطر انتكاس السرطان أو العدوى، حسب نتائج توصل إليها العلماء بعد إجراء تجربة جديدة في 4 يناير/ كانون الثاني.